如果你是贷款买房，那么你的房产必须由抵押权人（即贷款行）向房管部门办理抵押登记，这是银行为了保障自己的权益，以防你还不起或不还贷款的情况下，可以将房屋拍卖所得优先受偿。
按照规定，办理抵押应由抵押人（你）和抵押权人（银行）共同向房管部门申请，可是大部分业主嫌太麻烦，一般都委托代办机构或者银行代为办理，这时就需要你将房产证交给银行，让银行代替你向房管部门办理抵押登记。
待抵押登记办理完毕，银行会将房屋他项权证和房产证一起领回，到时候会将房产证返还给你。题主所问的“房产证抵押在银行”，现在应该不会有银行还扣押业主的房产证，因为只要银行有他项证书，你想偷偷的卖房什么的都是不可能的。
