如果你是贷款买房,那么你的房产必须由抵押权人(即贷款行)向房管部门办理抵押登记,这是银行为了保障自己的权益,以防你还不起或不还贷款的情况下,可以将房屋拍卖所得优先受偿。
按照规定,办理抵押应由抵押人(你)和抵押权人(银行)共同向房管部门申请,可是大部分业主嫌太麻烦,一般都委托代办机构或者银行代为办理,这时就需要你将房产证交给银行,让银行代替你向房管部门办理抵押登记。
待抵押登记办理完毕,银行会将房屋他项权证和房产证一起领回,到时候会将房产证返还给你。题主所问的“房产证抵押在银行”,现在应该不会有银行还扣押业主的房产证,因为只要银行有他项证书,你想偷偷的卖房什么的都是不可能的。