区别是：
1.保函的目的是保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。
2.备用信用证的目的是以贷款融资或担保债务偿还为目的所开立的信用证。
一、保函与备用信用证的类同之处。
1.定义上和法律当事人的基本相同之处保函和备用信用证，虽然在定义的具体表述上有所不同，但总的说来。
2.它们都是由银行或其他实力雄厚的非银行金融机构应某项交易合同项下的当事人。
3.承诺对提交的在表面上符合其条款规定的书面索赔声明或其它单据予以付款。
4.保函与备用信用证的法律当事人基本相同，一般包括申请人、担保人或开证行、受益人。
5.三者之间的法律关系是，申请人与但保人或开证行之间是契约关系。
6.二者之间的权利义务关系是以开立保函申请书或开证行与受益人之间的法律关系。
7.以保函或备用信用证条款为准。
二、应用上的相同之处。
1.保函和备用信用证都是国际结算和担保的重要形式。
2.在国际经贸往来中可发挥相同的作用，达到相同的目的。
3.在国际经贸交往中，交易当事人往往要求提供各种担保，以确保债项的履行。
4.如招标交易中的投标担保，履约担保，设备贸易的预付款还款担保。
5.质量或维修担保，国际技术贸易中的付款担保。
三、有从属性保函和独立性保函之分。
1.传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约。
2.其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任。
3.只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时。
4.保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。
